O Conselho exerce o ministério de governança e a gestão administrativa da Igreja. O Conselho da Igreja é formado por pastores e presbíteros. Tem a atribuição de liderar e decidir democraticamente, buscando ouvir pela fé a vontade de Deus, através da autoridade de Jesus Cristo, o Senhor da Igreja e as orientações da Bíblia.

​

A autoridade espiritual para o exercício da liderança dos integrantes do Conselho, deve ser a procura contínua de viver cheios do Espírito Santo. O labor teológico é fundamentado pelo cristianismo raiz, onde o Reino de Deus é a marca de uma comunidade missional. O Conselho exerce uma ação pastoral de cuidado e desenvolvimento espiritual dos integrantes da Igreja.

O Conselho executa os conceitos estabelecidos pela Igreja Presbiteriana Independente do Brasil e busca em suas origens reformadas, os padrões de qualidade históricos, de modo a produzir conduta ética, moral e testemunho, condizentes com o Evangelho. Há uma grande responsabilidade do Conselho, porque a Igreja será reflexo de sua orientação, liderança e exemplo.